همچنین می‌توان از مدل‌های همسانی
برای شناسایی تفاوت‌های ظریف بین پروتئین‌های مرتبط که همه از نظر ساختاری حل نشده‌اند استفاده کرد. به عنوان مثال، این روش برای شناسایی مکان‌های اتصال کاتیونی در Na + /K+ ATPase و برای ارائه فرضیه‌هایی در مورد میل اتصال ATPaseهای مختلف استفاده شد..
مدل های همسانی برای چه مواردی استفاده می شود؟
مدل‌سازی هومولوژی یکی از روش‌های پیش‌بینی ساختار محاسباتی است که برای تعیین ساختار سه بعدی پروتئین از توالی اسید آمینه آن استفاده می‌شود. این روش دقیق ترین روش پیش بینی ساختار محاسباتی در نظر گرفته می شود. این شامل چندین مرحله است که ساده و کاربردی هستند.
مدل سازی همسانی چیست و چرا به آن نیاز است؟
مدل‌سازی همسانی ساختار سه‌بعدی پروتئین هدف را بر اساس شباهت بین الگو و دنباله‌های هدف به دست می‌آورد. مانند GPCR به سختی متبلور می شوند زیرا درک بالاتری از …
چگونه یک مدل همسانی انجام می دهید؟
مراحل مختلفی در مدل‌سازی همسانی وجود دارد
- انتخاب الگو با استفاده از دنباله هدف شما. برای این منظور می توانید جستجوی BLASTp را در برابر تمام ساختارهای پروتئینی موجود (PDB) انجام دهید. …
- ترازبندی الگو و دنباله هدف. …
- کیفیت مدل شما. …
- تصفیهمدل شما بر این اساس.
چه چیزی یک مدل سازی همسانی خوب را می سازد؟
اگر یک "مدل همسانی بسیار موفق" را به‌عنوان مدلی تعریف کنیم که دارای <=2 Å rmsd از ساختار تجربی است، پس الگو باید دارای >=60% هویت توالی با هدف برای موفقیت باشد. نرخ >70%. حتی در هویت‌های توالی بالا (60%-95%)، از هر ده مدل همسانی، یک مدل دارای rmsd >5 Å در مقابلاست.
