ژل آگارز با DNA استفاده می شود، به دلیل اندازه بزرگتر مولکول های زیستی (قطعات DNA اغلب هزاران کیلو دالتون هستند). برای ژل های پروتئینی، پلی آکریل آمید وضوح خوب می دهد، زیرا اندازه بسیار کوچکتر (50 کیلو دالتون معمولی است) برای شکاف های بین مولکولی تنگ تر ژل مناسب تر است.
تفاوت بین الکتروفورز ژل آگارز و الکتروفورز ژل پلی آکریل آمید چیست؟
تفاوت اصلی بین آگارز و پلی آکریل آمید این است که آگارز در الکتروفورز ژل آگارز(AGE) عمدتاً برای جداسازی DNA استفاده می شود، در حالی که پلی آکریل آمید در ژل پلی آکریل آمید استفاده می شود. الکتروفورز (PAGE) عمدتاً برای جداسازی پروتئین‌ها.
چرا ژل های پلی آکریل آمید بهتر از ژل آگارز هستند؟
ژل های پلی آکریل آمید سه مزیت عمده زیر را نسبت به ژل های آگارز دارند: (1) قدرت تفکیک آنها به قدری زیاد است که می توانند مولکول های DNA را که طول آنها 0.1٪ (یعنی 1 جفت باز در 1000 جفت باز) متفاوت است جدا کند.). (2) آنها می توانند مقادیر بسیار بیشتری از DNA را نسبت به ژل های آگارز در خود جای دهند..
چرا هنگام مشخص کردن پروتئین ها از پلی آکریل آمید به جای آگارز استفاده می شود؟
پلی آکریل آمید و آگارز دو ماتریس پشتیبانی هستند که معمولاً در الکتروفورز استفاده می شوند. آگارز دارای اندازه منافذ بزرگ است و برای جداسازی اسیدهای نوکلئیک و کمپلکس های پروتئینی بزرگ مناسب است. پلی آکریل آمید اندازه منافذ کوچکتری دارد و ایده آل استجداسازی اکثر پروتئین ها و اسیدهای نوکلئیک کوچکتر.
چرا از ژل پلی آکریل آمید استفاده می شود؟
الکتروفورز ژل پلی آکریل آمید (PAGE) به طور معمول برای تجزیه و تحلیل پروتئیناستفاده می شود، و همچنین می تواند برای جداسازی قطعات اسید نوکلئیک کوچکتر از 100 جفت باز استفاده شود. اسیدهای نوکلئیک معمولاً با استفاده از یک سیستم بافر پیوسته که در آن ترکیب بافری ثابت، pH و اندازه منافذ در سراسر ژل وجود دارد، تجزیه و تحلیل می‌شوند.
